Viele Jahre vor Entstehung der Freien Christlichen Schule Düren gab es aus dem Kreis einer Elterninitiative von engagierten Christen heraus den Wunsch, eine evangelische Bekenntnisschule in freier Trägerschaft zu gründen.

Am 16.08.2005 wurde dazu der Förderverein der FCS-DN gegründet, jedoch hat es bis zur Gründung des Schulvereins am 16.10.2008 noch weitere 3 Jahre gebraucht.

In der ganzen Zeit bis zur Schulgründung kristallisierten sich schnell die grundlegenden Voraussetzungen für die Gründung einer Schule heraus: eine Schulleitung, Schülerinnen und Schüler, ein Schulgebäude sowie ausreichende Finanzen.
Als Schulleitung konnte eine erfahrene Schulleiterin gewonnen werden, die dazu bereit gewesen ist, ihre bisherige Stelle als Schulleitung an einer öffentlichen Schule aufzugeben.

Schon während der Planungen zur Gründung der Schule konnten bei diversen Veranstaltungen über 70 Voranmeldungen für die nächsten Jahre gesammelt werden. Aufgrund des geplanten jahrgangsübergreifenden Unterrichts gingen Anmeldungen für insgesamt 15 Schülerinnen und Schüler aus den Klassen 1 und 2 für das Schuljahr 2009/2010 ein.

Beim Schulgebäude konnte aufgrund eines großen Entgegenkommens seitens des Eigentümers beim Kaufpreis und der Ratenzahlung ein ehemaliges Bürogebäude einer ortsansässigen Baufirma erworben werden.

Bei den Finanzen zur Unterstützung der Vision einer evangelischen Bekenntnisschule fanden sich schon im Vorfeld der Schulgründung ca. 160 Einzelpersonen, die mit selbstverpflichteten Spenden von ca. 5,00 – 30,00 € monatlich für die Dauer von drei bzw. fünf Jahren einen entscheidenden Beitrag für das Startkapital der Schule leisteten. Zusätzlich wurden mehrere zinslose Darlehen zur Verfügung gestellt und einige Privatfamilien bürgten sogar mit ihrem Privatvermögen für die Schule.

Nach Vorliegen dieser Voraussetzungen konnte am 29.12.2008 der Antrag auf Genehmigung einer Bekenntnisschule bei der Bezirksregierung Köln eingereicht werden.

In der Zwischenzeit wurde bis zum Beginn des Schuljahres mit den Umbaumaßnahmen des Gebäudes für die erste Klasse begonnen. Sukzessive wurden die Arbeiten am Gebäude bis ins Jahr 2012 fortgeführt, um für die folgenden Jahrgänge Unterrichtsräume zur Verfügung stellen zu können.
Die Genehmigung für den Schulbetrieb kam Anfang Juli 2009, sodass der Unterricht am 17.08.2009 feierlich mit einem ersten Schulgottesdienst aufgenommen wurde.

Die offizielle Einweihungsfeier fand am 26.09.2009 unter großem Besucherandrang statt.